Cơ chế hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) tự động được xem là bước tiến lớn trong cải cách toàn ngành thuế. Song song với đó, việc xử lý những bất cập trong khâu thu mua và hoàn thuế đối với lĩnh vực nông, lâm sản đang trở thành yêu cầu cấp bách. Sự kết hợp giữa đổi mới công nghệ và điều chỉnh chính sách thực tiễn được kỳ vọng sẽ tháo gỡ “điểm nghẽn” cho ngành hàng này.
Tại tọa đàm “Hoàn thiện chính sách thuế, hải quan, thúc đẩy doanh nghiệp phát triển” diễn ra ngày 16/10/2025, ông Đặng Ngọc Minh, Phó Cục trưởng Cục Thuế, cho biết: “Tính đến ngày 14/10/2025, tổng thu ngân sách do ngành Thuế quản lý đạt 1.744.000 tỷ đồng, vượt 1,5% so với kế hoạch được giao. Trong đó, thu từ khu vực sản xuất kinh doanh đạt tiến độ tốt, thu từ đất tăng gấp đôi so với cùng kỳ năm 2024”.
Tọa đàm “Hoàn thiện chính sách thuế, hải quan, thúc đẩy doanh nghiệp phát triển"
Theo ông Minh, thời gian qua, Bộ Tài chính đã trình Chính phủ và Quốc hội ban hành nhiều chính sách tài khóa nhằm hỗ trợ doanh nghiệp phục hồi và phát triển. Trong đó, Nghị quyết 204/2025/QH15 tiếp tục cho phép giảm 2% thuế suất GTGT đến hết năm 2026, góp phần kích cầu tiêu dùng, thúc đẩy tăng trưởng kinh tế, đồng thời vẫn đảm bảo cân đối ngân sách nhà nước.
Cùng với đó, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 cũng có nhiều điểm mới, hướng tới giảm gánh nặng cho doanh nghiệp - đặc biệt là các doanh nghiệp nhỏ và vừa, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.
Phát biểu tại tọa đàm, ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng thư ký, Trưởng ban Pháp chế Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), cho rằng dù khung chính sách thuế đã có nhiều cải thiện, song việc thực thi Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi vẫn đang gây nhiều tranh luận.
Ông Tuấn nêu rõ: “Trước đây, doanh nghiệp thu mua nông sản không phải kê khai, tính thuế. Tuy nhiên, hiện nay, khi phải kê khai từ khâu thương mại, vốn là mắt xích trung gian quan trọng đối với hầu như các doanh nghiệp lớn do không thể chỉ mua từ nông dân đã khiến quy trình hoàn thuế trở nên phức tạp hơn”.
Ông Đậu Anh Tuấn, Phó Tổng thư ký, Trưởng ban Pháp chế Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI)
Theo ông, việc chuyển mặt hàng phân bón từ diện miễn thuế sang chịu thuế suất 5% là một bước điều chỉnh đúng hướng, giúp doanh nghiệp được khấu trừ thuế đầu vào, từ đó tăng sức cạnh tranh với hàng nhập khẩu. Tuy nhiên, quy định mới này lại khiến các doanh nghiệp trong lĩnh vực nông, lâm, ngư nghiệp gặp khó khăn ở khâu thu mua và hoàn thuế.
Biên lợi nhuận thấp, chi phí vốn cao cùng quy trình hoàn thuế kéo dài đang tạo áp lực lớn cho doanh nghiệp nông sản. Trong khi đó, thực tế cho thấy chỉ cần một nhà cung cấp nhỏ gặp trục trặc về thuế, toàn bộ hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp thu gom có thể bị đình trệ, phát sinh chi phí và ảnh hưởng đến uy tín.
Từ thực tiễn này, đại diện VCCI kiến nghị Cục Thuế cần đẩy nhanh cải tiến quy trình hoàn thuế theo hướng tự động, minh bạch, tương tự cơ chế hoàn thuế dành cho cá nhân, giúp doanh nghiệp giảm chi phí và rủi ro hành chính. Đồng thời, cần có lộ trình áp dụng chính sách phù hợp, nhất là trong bối cảnh hàng nông sản Việt Nam đang chịu sức ép từ các biện pháp thuế đối ứng của Mỹ, để tránh gia tăng gánh nặng cho doanh nghiệp trong nước.
Giải đáp các băn khoăn trên, ông Đặng Ngọc Minh cho biết trước đây, các hợp tác xã hoặc doanh nghiệp thương mại thu mua nông sản không cần kê khai và tính thuế GTGT. Tuy nhiên, trong lần sửa luật vừa qua, Quốc hội đã quyết định đưa quy định kê khai thuế trở lại.
Ông Minh cho hay: “Quan điểm ban đầu của Bộ Tài chính là giữ nguyên quy định cũ để hạn chế rủi ro, nhưng do hệ thống pháp luật chỉ có cơ chế miễn thuế chứ không có cơ chế không kê khai, nên việc áp dụng thuế suất 5% là phương án hợp lý nhất. Tuy vậy, một số vướng mắc thực tế đang phát sinh và Bộ sẽ tiếp tục rà soát, báo cáo Quốc hội để điều chỉnh trong thời gian tới.”
Về hướng cải cách trong thời gian tới, lãnh đạo Cục Thuế cho biết người nộp thuế sẽ chỉ cần xác nhận thông tin có sẵn trên hệ thống thay vì kê khai thủ công. Với doanh nghiệp có hồ sơ minh bạch, rủi ro thấp, việc hoàn thuế tự động hoàn toàn khả thi.
Liên quan đến cơ chế hoàn thuế tự động, ngành Thuế đang triển khai lộ trình tự động hóa toàn bộ quy trình quản lý, hướng tới hệ thống thuế điện tử toàn diện. Mục tiêu là để người nộp thuế “tự khai, tự tính, tự nộp, tự chịu trách nhiệm”, trong khi cơ quan thuế đóng vai trò hỗ trợ, giám sát và cung cấp dữ liệu.
Hiện nay, dữ liệu người nộp thuế đã được số hóa trên toàn hệ thống, cho phép phân loại, đánh giá rủi ro và tạo lập tờ khai gợi ý cho cá nhân, doanh nghiệp.
Trước câu hỏi ai sẽ chịu trách nhiệm nếu phát sinh sai sót trong quy trình hoàn thuế tự động, ông Đặng Ngọc Minh cho biết ngành Thuế vẫn bảo vệ quan điểm coi hệ thống điện tử là một “thực thể pháp lý” có thẩm quyền nhất định, thay mặt cơ quan thuế thực hiện các bước xử lý theo quy định.
“Khi máy móc có đủ căn cứ pháp lý và dữ liệu để quyết định, đó là trách nhiệm của hệ thống, không cần can thiệp thủ công. Đây là hướng đi tất yếu để nâng cao tính minh bạch, giảm rủi ro và tăng hiệu quả quản lý,” lãnh đạo Cục Thuế nhấn mạnh.
PV